De stichting heeft als doelstelling het (digitaal) documenteren, archiveren, ontsluiten, faciliteren en promoten van het Nederlandse orgelerfgoed.

Nederland kent een eeuwenlange orgelbouwtraditie die, ook recent, een schat aan orgels heeft opgeleverd. Duizenden orgels, oud, nieuw, groot en klein die op diverse manieren een belangrijke rol vervullen in het culturele leven van land, stad of dorp.
Orgels moeten bespeeld worden anders raken ze in verval en gaan ze verloren. Orgels moeten ook onderhouden worden om ze optimaal te kunnen gebruiken. Om te zorgen dat dit gebeurt, zijn muziek, musici en orgelbouwers nodig. Om de relaties tussen musici, componisten, bouwers en orgels levend te houden, moeten steeds voldoende mensen geboeid worden door dit magnifieke fenomeen.

Daarom stoelt de missie van het NIvO op de overtuiging dat het orgelerfgoed en de orgelkunst van een zodanig groot en breed cultureel belang zijn, dat zij de voortdurende aandacht verdienen en onder de aandacht gebracht moeten blijven worden.

De visie van het NIvO is dat die aandacht het best kan worden bewerkstelligd door dit erfgoed en zijn omgeving voor een breed publiek bereikbaar te maken. Het NIvO heeft hiervoor een basis gelegd met de uitgave van een encyclopedie in 15 delen, Het Historische Orgel in Nederland en de gelijknamige twaalfdelige cd-box als klankdocument. De ontwikkeling van een digitaal platform sluit hier naadloos op aan en is het instrument om informatie, kennis en documentatie over orgels op een duurzame manier toekomstbestendig te maken en te houden.